V případě autoimunitních chorob se začnou tvořit protilátky proti vlastním buňkám a tkáním, vzniká zánět a následně i porucha funkcí tkání a orgánů. Je to vlastně vzpoura vlastního těla.

Vaskulitida je zánět cév, který způsobuje vážné poškození jejich stěny. Tento zánět je způsoben autoimunitní reakcí, při které začnou obranné mechanismy těla ničit své vlastní buňky a celé tkáně ..

Pojmem epilepsie označujeme opakované křečové záchvaty neurologického původu. Záchvaty mohou mít velmi rozdílný obraz, průběh i frekvenci a také mohou odlišně reagovat na terapii.